Maltesern tillhör Bichon familjen, och räknas för att vara en av de äldsta dvärghundsraserna. Det finns en viss oenighet om rasens ursprung, men att den är knuten till medelhavsområdet är emellertid alla eniga om. Många hänvisar till Malta som ursprungsplats, medan andra menar att ”Malteser” är en avledning av ordet ”Melita”, namnet på en ö i Adriatiska havet. Enligt rasstandarden i dag är centrala Medelhavsområdet angivet som Malteserns ursprung. Oavsett detta har det sedan fler hundra år f. Kr. funnits dvärghundar runt omkring på öarna i Medelhavet, som man räknar med är nära besläktade med dagens ras. Dessa kunde glädja sig över stor popularitet hos överklassen. De verkade särskilt tilltalande bland människor med sinne för raffinemang, och som värdesatte utseendet och personligheten till de livliga, kärvänliga och små men robuste kelgrisarna. När det gäller dessa punkter, har rasen knappast förändrat sig särskilt mycket sedan den tiden.

Maltesern är också känt i antikens konst och poesi. Ett exempel på den kärlek många hade för sina små vänner är ett dikt som Publius, en guvernör på Malta, lät skriva om sin hund ”Issa”. ”Issa” som betyder ”den vackra”, blev också förevigad på ett porträtt.

Tidigt i rasens historia fanns det exemplar både i kort – och långhårsvarianter och i många färger, även om vitt var att föredra. Under flera hundra år den avlades det med tanke på en liten storlek, trots att den ifrån början var större. Fruktansvärda historier finns om hur valpar blev nedgrävda eller satta i trånga lådor för att de inte skulle bli för stora. En annan version var att hundarna fick mycket salt för att de skulle dricka mycket vatten i stället för att äta.

Maltesern var en populär sällskapshund också under medeltiden. Det är troligtvis grunden till att den har behållit sin särprägel helt och hållet sedan forntiden. Sannolikt var de flesta ”knähundar” i Norden på den tiden varianter av Malteser. Några klipptes som heraldiska miniatyrlejon, något man kan se av en kalkmålning i Roskilde domkyrka.

Man hade praktisk nytta av dem som levande värmedynor, som både män och kvinnor bar under sina kappor, eller hade liggande hos sig i sängen.

Vi möter Maltesern igen på renässansporträtt av kungliga personer. Konstnärer som Dürer, van Eyck, Rubens och senare Goya har använt Maltesern i sina bilder.

Till följd av en överlämning kom Maltesern till England runt 1400-talet. En annan teori är att ett exemplar skulle ha blivit sköljd i land från ett vrak från den spanska armadan och sedan blandat sig med Skotsk Terrier. Av detta skulle Skyeterrier och sedan Yorkshireterrier ha blivit resultatet. Mer troligt är det att Maltesern följde med romarna till England över 1500 år tidigare.

1830 målade sir Edwin Landseer en bild han kallade ”The lion dog from Malta – last of his race”. Lyckligtvis tog han fel! 11 år senare importerades ”Cupido” och ”Psyche”, en hanhund och en tik från Filippinerna (som då var spansk koloni), till England. De skulle ha varit en gåva till drottning Victoria, men då pälsarna var så misskötta efter den långa sjöresan, gav kaptenen dem till sin bror, en Mastiff uppfödare. Han använde dem i avel. Dessa hundar kallades ”Manila – hundar” men de var utan tvivel ättlingar av den grekisk – romerska Maltesern, (Canis Melitaeus). En avkomma efter dessa hundar ställdes ut i Newcastle runt 1860, där den fick följande beskrivning: ”3 ½ pounds i full, vit praktpäls, 15 tum lång, längre än höjden över manken.
Drottning Victoria fick efter hand två Malteser, ”Chico” och ”Goliath”, som också var avkomma efter de två första.

”Cupido” och ”Psyche” räknas för att vara grundstenarna i den engelska Malteser aveln. De var inte de första Maltesrarna i England, men med dessa hundar fick rasen ett namn. Den blev först
klassificerad som Terrier, men 1904 blev den flyttad till dvärghundsgruppen. Tidigare var olika färger tillåten, och Maltesern kunde både vara fläckig, svart, ljusbrun eller sandfärgad förutom vit. Från och med nu blev vit den enda godkända färgen och man införde också en viktgräns på 8 pounds.

Till Sverige kom rasen 1910. En engelsk importerad tik visades på Stockholms – utställningen 1911.

Avelsarbetet både i Sverige och hemlandet har inriktats på att bredda avelsbasen. I hemlandet Italien har mycket av avelsarbetet präglats av samarbete med uppfödare i andra länder, huvudsakligen England från början men sedan allt mera inriktats mot USA. I Sverige var de flesta hundarna av engelska linjer men sedan gränserna öppnats har allt fler hundar från resten av Europa importerats och även några USA-importer registrerats.

Importerna har de senaste åren spelat en stor roll i det svenska avelsarbetet. Utan importer skulle avelsbasen varit ännu mindre och troligtvis hade det funnits stora problem att hitta avelsdjur som inte varit mycket nära besläktade.